在2005年空軍與波音公司還簽訂一份為期五年，價值20億美元的合同，用于繼續升級E-4B機隊。除了購買和升級費用外，E-4每小時耗費近160,000美元。

E-4B除了具有電磁脈沖保護功能，還配有全球最先進的通訊設備和電子設備，為飛機上的領導人提供全球通信。飛機還包括一個特殊的通訊裝備，用于在地面通信被摧毀后，總統也可以保持與核潛艇艦隊的聯系。當然飛機上還有先進的防止火災應對系統。

盡管許多老式飛機已經升級為玻璃駕駛艙，但E-4B仍然使用傳統的模擬飛行儀表，因為它們不易受到EMP爆炸的損害。

E-4B最多可容納112人，包括飛行機組和乘客。通過空中加油，它能夠在相當長的一段時間內保持空中飛行，僅受發動機潤滑油消耗的限制。在耐力測試飛行中，飛機在空中飛行時長達到35.4小時，但它的設計是在緊急情況下在空中停留一整周。需要兩架滿載的KC-135加油機才能給E-4B加滿油。E-4B機內共有三層：上部，中部和下部。

駕駛艙內人員包含飛行員，副駕駛員和隨行工程師，以及通常在民用波音747上找不到的導航員。飛行甲板尾部設有休息區和飛行機組人員以及其他人員的睡眠區。

中間甲板包含會議室，為會議和簡報提供安全區域。它包含一個可容納9人的會議桌。會議室的后面是一個投影室，為會議室和簡報室提供服務。

　
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