新投用的國際快件中心位于南京祿口機場北側的國際貨運中心內，一期面積達3800平方米、設計年吞吐量為20000噸，擁有進出港兩條獨立的具有海關同屏對比功能的自動查驗分揀線，可滿足南京及周邊地區國際快件業務未來4年~6年的發展需求，可同時為10家~15家物流公司提供優質服務。

處于華東地區重要樞紐貨運機場，南京祿口機場快件中心具有顯著的優勢。今年1月~5月，南京祿口機場貨郵吞吐量達13萬噸，同比增長12.2%。依賴機場每周210班的國際(地區)航班及包機，國際快件可以在1天~2天內從南京運抵全球的主要城市。機場周邊高速網絡發達，有利于為客戶提供更高效的“門到門”的服務。海關、檢驗檢疫等單位入駐快件中心，提供報關、報檢等一站式服務。同時,祿口機場自行開發的國內領先的物流信息平臺系統已與海關快件監管系統無縫對接，可實現報關數據實時交換、預先布控、查驗比對、卡口放行等功能，在保證快件監管安全的同時，大大提升了通關效率。

此外,南京祿口機場自去年開始已先后取得了國家級冰鮮水產品、水生食用動物、水果等進口指定口岸資質，完善的口岸功能可以較好地滿足企業及居民對該類商品日益增長的消費需求。目前，港中旅華貿國際物流股份有限公司等物流企業已落戶快件中心開始運營。